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freebsd:freebsd_12_install_foldingathome [2020-03-28 16:29]
Decomo
freebsd:freebsd_12_install_foldingathome [2020-03-29 02:25] (現在)
Decomo
ライン 1: ライン 1:
 ====== FreeBSD 12とFolding@homeで新型コロナウイルス解析に参戦する ====== ====== FreeBSD 12とFolding@homeで新型コロナウイルス解析に参戦する ======
  
-流行りに乗じて新型コロナと絡めてみたけど、単にFreeBSD 12でFolding@homeを動かそうっていうお話で+流行りに乗じて新型コロナと絡めてみたけど、単にFreeBSD 12でFolding@homeを動かそうっていうお話。 
 + 
 +以前にもやったことあったなぁ…とサイト内をあさってみたら、ちょうど14年前だった([[blog:​2006:​2006-03-27]])。VIA C3のマシン運用してた記憶。当時はまだportsがなかったけど、記事書いたのが3月、portsが出来たのが8月のようで、振り返ってみるとちょっとの差だったんだなと中々に感慨深い。 
 + 
 +しかしあれから14年か…
  
 ===== 試した環境 ===== ===== 試した環境 =====
ライン 26: ライン 30:
 </​code>​ </​code>​
  
-fahclientユーザーが使えない状態だとサービス起動時に「su: unknown login: fahclient」と怒られて起動できなかったりする。+fahclientユーザーが使えない状態では、「su: unknown login: fahclient」と怒られてサービスとして起動できなかったりする。
  
 ===== Linuxエミュレータの設定 ===== ===== Linuxエミュレータの設定 =====
ライン 44: ライン 48:
 ここで再起動するか、自前でカーネルモジュールを読み込む&上記FS類をマウントする。 ここで再起動するか、自前でカーネルモジュールを読み込む&上記FS類をマウントする。
 <​code>​ <​code>​
 +# reboot
 +または
 # kldload linux64 # kldload linux64
 # mount /​compat/​linux/​proc # mount /​compat/​linux/​proc
ライン 61: ライン 67:
 # zfs create -o exec=on zroot/​ROOT/​var/​db/​fahclient # zfs create -o exec=on zroot/​ROOT/​var/​db/​fahclient
 # chown -R fahclient:​fahclient # chown -R fahclient:​fahclient
 +</​code>​
 +
 +fahclientの実行ログを見るかぎり、''/​usr/​local/​etc/​fahclient/''​以下の所有者も変えた方が良さそう。
 +<​code>​
 +# chown -R fahclient:​fahclient /​usr/​local/​etc/​fahclient/​*
 </​code>​ </​code>​
  
ライン 78: ライン 89:
 # service fahclient start # service fahclient start
 </​code>​ </​code>​
 +
 +''​service fahclient log''​でズラズラとログが出たり、topでFAHClient/​FahCore_xxあたりのプロセスが動いてれば解析が行われている。
  
 ===== トラブルシューティング ===== ===== トラブルシューティング =====
  
-動で起動する場合+==== アプリケーション起動 ==== 
 + 
 +デーモンはなく単発アプリケーションとして起動したい場合は、以下のようにする。
 <​code>​ <​code>​
 # /​usr/​local/​bin/​FAHClient --config=/​usr/​local/​etc/​fahclient/​config.xml # /​usr/​local/​bin/​FAHClient --config=/​usr/​local/​etc/​fahclient/​config.xml
 </​code>​ </​code>​
 +
 +==== CPU割り当ての最適化 ====
 +
 +Foldgin@homeはFolding slot単位でWUの割り当てを行うが、標準では1スロットに全CPUスレッドを割り当てる構成となっている。そしてスロットの処理能力に適したWUが割り当てられるっぽいが、多コアCPUの場合これが徒となり、WUが降ってこない原因ともなるようだ。
 +
 +そんな時は、あえて4スレッド程度のスロットを複数個作った方が、効果的にWUの割り当てが行われるっぽい。
 +<​code>​
 +<​config>​
 +  ...
 +  <!-- Folding Slots -->
 +  <!-- 8C/​16TのCPUで4スレッド×4スロットにする -->
 +  <slot id='​0'​ type='​CPU'>​
 +    <cpus v='​4'/>​
 +  </​slot>​
 +  <slot id='​1'​ type='​CPU'>​
 +    <cpus v='​4'/>​
 +  </​slot>​
 +  <slot id='​2'​ type='​CPU'>​
 +    <cpus v='​4'/>​
 +  </​slot>​
 +  <slot id='​3'​ type='​CPU'>​
 +    <cpus v='​4'/>​
 +  </​slot>​
 +</​config>​
 +</​code>​
 +
 +===== 参考サイト =====
 +
 +  * [[https://​foldingathome.org/​|olding@home – Fighting disease with a world wide distributed super computer.]]
  
freebsd/freebsd_12_install_foldingathome.txt · 最終更新: 2020-03-29 02:25 by Decomo
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